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Descubierto en 1843, Prototaxites fue descrito en 1859 por el geólogo canadiense John William Dawson, considerado uno de los fundadores de la paleobotánica. El aspecto de los fósiles de Prototaxites es semejante al de la madera petrificada: troncos o trozos de troncos con anillos parecidos a los anillos anuales de crecimiento de los árboles. En un principio se pensó que era una conífera, después, que se trataba de un alga, más tarde, un hongo parecido a una inmensa seta y, por último, un líquen o una comunidad de hepáticas. Fuera lo que fuese, Prototaxites se extinguió hace unos 370 millones de años, coincidiendo con la aparición de los primeros vertebrados cuadrúpedos.
